Nie ma koloru przezroczystego

O przezroczystości decyduje odpowiednie ustawienie kanału alfa dla dowolnego, unikalnego koloru. W twoim przypadku, w programie srt2sup sprawdź:
- czy masz wszystkie 4 kolory ustawione na różne barwy;
- zerknij, czy dla koloru Background masz odhaczone Transparency.