Jeśli chcesz tylko podocinać ujęcia, to opcja Re-author w programie DVDShrink załatwi sprawę (bez konwersji, bez utraty jakości).
Nowe menu (jak i przycinanie klipów) możesz zrobić w programie TMPGEnc DVD Author.
Opis modyfikacji menu znajdziesz
TU.