Najlepszym wydaje się być TMPGEnc MPEG Editor:
http://www.cdrinfo.pl/artykuly/dvb2dvd/
Wycinasz początek i koniec VOBa czyli wywalasz to co jest złe. Zostaje Ci osbno początek VOBa i koniec. Potem przygotowujesz srodek i łączysz wszystko w całośc w TMPGEnc 2.5 (merge and cut w narzędziach).
Pozdrawiam!