Trochę nie rozumiem twojego problemu... ale jeżeli robisz backup partycji i będziesz ją przywracal to nie będziesz miał takiego komunikatu jak przy instalacji XP, tylko jakiś z partition magic-a ponieważ ty nie instalujesz na nowo windowsa lecz odzyskujesz jego zainstalowana kopie.
PS Do backupa polecam Acronis True Image jest chyba prostrzy w obsłudze i posiada lepszą kompresje