Opcja resize dotyczy wielkości obrazu i nie ma żadnego wpływu na długość filmu. To, co ma wpływ to framerate - dokonujesz konwersji filmu z framerate ok. 30 klatek/sek do DVD PAL z framerate 25 kl/s.
Mówiłem Ci, żebyś zajrzał do tego poradnika
http://www.cobraverde.net/Porady/divx2dvd.htm . Wiedziałbyś co zrobić z rozjeżdżającym się audio.