Na
www.doom9.org wspominany jest HDTVtoMPEG, który być może rozwiąże choć część Twoich problemów. Co prawda przeznaczony jest raczej do operacji na TS ale myślę, że z Twoim mpeg-iem da sobie radę.
TS - Transport Stream - sposób nadawania MPEG-2 w systemach DVB