Dziwne, że coś takiego pojawiło się przy zgrywaniu...
Może sróbuj rozdzielić od siebie audio i wideo w Nandubie, a później porównaj czasy trwania strumieni. Jeśli będą się róznić, to jedyną metodą działania będzie zmiana "fps" dźwięku - masz trochę o tym tutaj
http://www.cobraverde.net/Porady/divx2dvd.htm