Spróbuj normalnie zainstalować Windowsa - zmień w biosie na rozruch z płyty i postępuj dalej - w pewnym momencie instalator zapyta czy zrobić nową instalację czy naprawić istniejącą (gdzieś chyba na dole jest, że trzeba wcisnąć odpowiedni klawisz) - czytaj czytaj i jeszcze raz czytaj!
PS. Możesz jeszcze spróbować tak:
Uruchom system z CD instalacyjnego w trybie z wierszem poleceń (Command Prompt). Następnie wpisz polecenie fixboot. Jeśli to nie przyniesie rezultatu, użyj polecenia fixmbr. Może to poprawi wpisy w boot.ini