To wina ac3machine - chyba najgorszy soft sobie wziąłeś do kodowania :-(
Najlepiej zrobi Ci to kodowanie jakiś certyfikowany koder - np. z Sony Vegas lub Scenarista lub jakis inny dowolny.
Z darmowych całkiem znośnie działa ffmpeggui choć żadna darmowa wersja softu nie zrobi Ci tego porządnie.
http://www.cdrinfo.pl/dvd/dvtodvd/strona6.php
http://www.cdrinfo.pl/dvd/dvtodvd/strona7.php
Przy okazji jak bedziesz resamplował z 44,1 do 48kHz to też zrób to jakims porządnym softem - kiepski resampling to też źródło trzasków a i soft do konwersji mp3 na wav też powinien byc porządny (do tych dwu ostatnich rzeczy proponuje CoolEdit lub teraźniejsze Adobe Audition).
Pozdrawiam!