Spróbuj sprawdzić czy faktycznie te uzyskane różnymi programami wav-y są różne. Możesz to zrobić np Total Commanderem. Zaznacz pliki które chcesz porównać i z zakładki pliki wybierz "porównaj wg zawartości".
Jeśli są identyczne to nie może być słychać inaczej i to po prostu jakieś oddziaływanie na mózgowie
, że niby musi być słychać inaczej.
Jeśli mimo tej samej wielkości plików są one różne, to znaczyć może, że są jakieś ustawienia (np. normalize) w tych programach które mogą coś wprowadzać do sygnału.