A może tak:
1. Rozłożyć film na pliki wideo i audio np. VobEditem
2. Sprawdzić ratio filmu i ratio pasującej ścieżki audio - nie wiem czym
3. Programem AC3Machine dopasować ratio do filmu - opcja: Change Frame rate from X to Y gdzie X to rate jaki masz a Y jaki powinien być
4. Poskładać wszystko do kupy IfoEditem
Traktuj tą moją "poradę" bardzo z przymróżeniem oka, bo tych rozwiązań delikatnie mówiąc pewien nie jestem. Najlepiej jakby ktoś kompetentny się wypowiedział np. CobraVerde lub inni. Możesz odwiedzić też jego stronę
http://www.cobraverde.net/pliki/index_d.htm
bo warto. Są tam poradniki, przykłady.