Rozwiązanie okazuje się byc całkiem proste...
Najpierw ściągnij MKVtoolnix. Otwórz film w mkvmerge gui, usuń stare audio, dodaj nowe, zaznacz i na zakładce format specific options w polu stretch by wpisz: 25000/23976. Dzieki temu dopasujesz prędkość odtwarzania audio do tempa video
Możliwe że bedziesz musiał jeszcze dodać lekkie opóźnienie w przód lub w tył. Nie trzeba nic kompresowac tylko zmuksujesz i gotowe.