w starych komputerach jak i nowych jest taka opcja w biosie, która powoduje "nadzór bootsectora dusyku" i w starych kompach było to na tyle skuteczne, że aby zainstalować win95/98 najpierw trzeba byłą wył. tą opcję w biosie - Virus Protection
nie wiem czy linux zaczyna instalacje od mieszania w boot recordzie hdd, ale wszystko jest możliwe. Zobacz może to jest to.