Ano z niewiedzy. Jeśli program niepoprawnie rozpoznaje partycje to należy sobie dać z nim spokój. Po za tym taka dobra zasada to zawsze, przed jakimikolwiek zmianami w tablicy należy zrobić kopię swoich ważnych danych.
Spróbuj odzyskać starą tablicę za pomocą testdisk (wchodzi w skład GParted). O części danych raczej zapomnij (a jeśli już coś zapisywałeś na tym dysku to nie raczej a na pewno ;]).
Tutaj miałem podobny problem:
Skasowana tablica partycji